Doniesienia na temat niekorzystnego oddziaływania na organizm człowieka budzą.zawsze zaniepokojenie opinii publicznej Jednakże dokładne badania wykazują, że najczęściej informacje te są wynikiem złej interpretacji, a nie identyfikowalnych, rzeczywistych reakcji alergicznych czy nietolerancji.

Wśród substancji dodatkowych, co do których istnieją doniesienia o ich niekorzystnym działaniu na organizm niektórych ludz wymienia się:

Barwniki:
U bardziej wrażliwych osób obserwowano sporadyczne przypadki reakcji alergicznych w odniesieniu do tartazyny (E 102) i koszenili (E 120). Objawiały się one pokrzywką, pojaiweniem się wysypki oraz przekrwieniem śluzówki nosa. Jednakże przypadki występowania tych reakcji są bardzo rzadkie (ich częstotliwość oszacowano na 1 do 2 na 10 tysięcy osób).
W przypadku koszenili donoszono o pojawianiu się reakcji alergicznych związanych ze zmianą poziomu przeciwciał IgE. Istnieją ponadto informacje na temat wywoływania przez tartazynę objawów astmatycznych, jednak liczba takich przypadków jest znikoma.

Siarczyny:
Jedną z grup związków, które mogą wywoływać problemy u wrażliwych osób są pochodne siarki. W grupie tej znajdują się niektóre nieorganiczne związki siarkowe (E 220-E228), jak siarczyn sodu, pirosiarczyn potasu oraz disiarczyn zawierający dwutlenek siarki (SO2). Konserwanty te są używane przy ograniczaniu i zapobiegania rozwojowi mikroorganizmów w napojach fermentowanych. Są bardzo rozpowszechnione w przemyśle winiarskim, piwowarskim i przy produkcji napojów owocowych. Stosuje się je od blisko 2 tysięcy lat. U osób wrażliwch, cierpiących na astmę, siarczyny mogą powodować nasilenie objawów chorobowych, takich jak problemy z oddychaniem, krótki oddech, kaszel i zadyszkę.

Glutaminian sodu i aspartam:
Glutaminian sodu jest związkiem sodu i kwasu glutaminowego. Kwas glutaminowy to aminokwas naturalnie występujący w wysokobiałkowych produktach spożywczych, jak mięso i produkty mięsne, czy produkty nabiałowe. Kwas glutaminowy używany jest również do jako wzmacniacz smaku w daniach gotowych, niektórych daniach kuchni orientalnej, niektórych sosach i zupach.
Istnieją doniesienia na temat efektów ubocznych działania kwasu glutaminowego na organizm człowieka, jakich jak wywoływanie bólów głowy, czy swędzenie ciała. Jednakże badania naukowe nie wykazały zależności pomiędzy spożyciem kwasu glutaminowego a występowaniem wyżej wymienionych reakcji. Zdaniem naukowców, te niekorzystne objawy alergiczne mogą być wywołane przez inne składniki żywności a nawet mogą być reakcją o podłożu psychicznym.
Podobnie wygląda sytuacja z aspartamem – słodzikiem będącym związkiem naturalnie występujących substancji – aminokwasów: kwasu asparaginowego i kwasu fenyloalaninowego. W stosunku do niego również istniały podejrzenia o wywoływanie wielu niekorzystnych reakcji organizmu człowieka, jednakże żadne z nich nie zostało naukowo udowodnione.

Stosowanie substancji dodatkowych w żywności nie powoduje u większości ludzi żadnych problemów. Jednakże niewielka ilość populacji, cierpiąca na różnego rodzaju alergie może być wrażliwa na niektóre substancje dodatkowe. Wyniki badań wskazują to, iż substancje dodatkowe raczej wzmacniają objawy alergiczne wywołane innymi czynnikami niż je wywołują. Te niekorzystne reakcje, które rzadko są alergiczne, oraz produkty spożywcze i ich składniki, które są odpowiedzialne za powstawanie tych reakcji, powinny być poddane ocenie przez specjalistów z zakresu dietetyki i zdrowia, co zapewniłoby, że nie byłyby wprowadzane niepotrzebne restrykcje jeśli chodzi o stosowanie substancji dodatkowych. Jeżeli wszystkie produkty zawierające substancje dodatkowe będą czytelnie oznakowane, osoby, które są wrażliwe na niektóre składniki żywności będą mogły w prosty sposób uniknąć wszelkich składników, które mogłyby u nich wywołać problemy.