Plan pracy NIK obejmuje zarówno kontrole planowe, wynikające z analiz przeprowadzonych przez samą Izbę, jak i z sugestii przekazanych jej przez obie izby Parlamentu, Prezydenta, Premiera i Rzecznika Praw Obywatelskich. Lektura zaplanowanych zamierzeń ukazuje trzy główne kierunki badawcze Izby: kwestie finansowe, zagadnienia bezpieczeństwa (także socjalnego) i przedsięwzięcia stanowiące inwestycję w przyszłość.

Wśród ok. 30 tematów kontroli związanych z bezpieczeństwem znalazły się m.in.: zagadnienia związane z bezpieczną żywnością oraz propagowaniem zdrowego żywienia, czy zapobieganiem zatruciu wód przez azotany pochodzące z rolnictwa.

Z kolei w obszarze inwestycji w przyszłość, plan przewiduje kontrolę działań związanych z rosnącą odpowiedzialnością i jej świadomością. Kontrolerzy sprawdzą m.in., jak prowadzi się zajęcia wychowania fizycznego w szkołach.

Najwyższa Izba Kontroli w każdym roku, oprócz kontroli planowych, przeprowadza także kontrole doraźne, które są instrumentem umożliwiającym szybkie zbadanie zidentyfikowanych przez NIK problemów.