Projekt przewiduje m.in.

1. Możliwość zakładania spółek oraz nabywania udziałów lub akcji przez Agencję. Umożliwi Agencji bardziej efektywną realizację ustawowych zadań poprzez wykorzystywanie formy organizacyjnoprawnej spółek prawa handlowego oraz udziału w tego rodzaju spółkach. Możliwość zakładania spółek prawa 2 handlowego oraz udziału w takich spółkach przyczyni się również do zwiększenia elastyczności w wykonywaniu ustawowych zadań Agencji m.in. poprzez zapewnienie świadczenia przez zakładane spółki wysokiej jakości wyspecjalizowanych usług na rzecz Agencji m.in. w zakresie budowy, rozbudowy i unowocześnienia istniejących systemów informatycznych. Powyższe pozwoli na zastosowanie biznesowych rozwiązań zarządczych powszechnie stosowanych przy realizacji tego typu projektów w sektorze prywatnym oraz sprawne realizowanie projektów przy wykorzystaniu zasobów własnych lub z udziałem podmiotów o uznanej renomie i doświadczeniu.

Obecnie jednostki sektora finansów publicznych nie mogą posiadać, obejmować lub nabywać udziałów lub akcji w spółkach ani nabywać obligacji emitowanych przez podmioty inne niż Skarb Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego, a także udziałów w spółdzielniach, chyba że odrębna ustawa stanowi inaczej. Ustawa stworzy podstawę prawną do utworzenia spółki przez Agencję (wejście w życie ustawy nie utworzy spółki ex lege).

2. Rozszerzeniu katalogu stanowisk w strukturze Agencji, które obsadzane są w drodze powołania i w których przypadku powołanie jest równoznaczne z nawiązaniem stosunku pracy na podstawie powołania w rozumieniu przepisów kodeksu pracy. Rozszerza się  katalog o stanowisko doradcy Prezesa Agencji.
3. Uelastycznienie zatrudnienia na zastępstwo (brak konieczności konkursu).
4. Możliwość utworzenia przez Agencję spółki kapitałowej, której celem będzie realizacja zadań polegających na zapewnieniu rozwoju systemów i rozwiązań teleinformatycznych służących do realizacji zadań Agencji, a także do realizacji innych zadań w zakresie działów administracji rządowej rolnictwo, rozwój wsi, rynki rolne lub rybołówstwo, usprawnieniu współpracy pomiędzy instytucjami i organami publicznymi oraz zapewnieniu sprawnej obsługi rolników i innych podmiotów. Przewiduje się, że podstawowym obszarem działalności spółki będzie rozwój i utrzymanie systemów niezbędnych do realizacji zadań Agencji.