Zanieczyszczenia żywności dzieli się na:

1. Fizyczne – obce substancje i materiały , które mogą spowodować fizyczne uszkodzenie
2. Chemiczne - metale ciężkie, pozostałości pestycydów, wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne, dioksyny, mikotoksyny; pozostałości środków farmakologicznych w tkankach zwierzęcych (antybiotyki, sulfonamidy, środki p/ pasożytnicze, hormony); toksyny ryb makrelowatych, toksyny skorupiaków, toksyny grzybów trujących.
3. Biologiczne:

• Bakterie saprofityczne i chorobotwórcze np.:Bacillus cereus, Campylobacter jejuni, Clostridium botulinum, E. coli, Listeria monocytogenes, Salmonella enterica, Staphylococcus aureus, Shigella sp., Vibrio cholerae, Yersinia enterocolitica
• Pasożyty - nicienie, tasiemce
• Grzyby - drożdże, pleśnie
• Szkodniki
• Wirusy

Spośród wszystkich zagrożeń najmniej uwagi pod względem kontroli poświęca się  wirusom choć szacuje się, że wśród wszystkich chorób pokarmowych około 67% stanowią infekcje wirusowe. Wirusy są najmniejszymi drobnoustrojami, których rozmiary mieszczą się w przedziale od 15 do 400 nm. Mimo że analizy mikrobiologiczne produktów żywnościowych i wody obejmują bardzo liczne mikroorganizmy chorobotwórcze, wirusy powodujące zatrucia pokarmowe nadal pozostają grupą stosunkowo słabo poznaną. Patogeny wirusowe są trudniejsze do diagnostyki gdyż ich dawki infekcyjne są niezwykle niskie (od 10 do 100 cząstek wirusowych), charakteryzują się również zdolnością przeżywania w bardzo drastycznych warunkach, tj. niskim pH oraz niskich temperaturach. Chorobotwórcze wirusy jelitowe, trafiając do organizmu człowieka z pożywieniem lub wodą, w pierwszym etapie atakują komórki układu pokarmowego, w których zaczynają się namnażać. Cząstki potomne infekują kolejne komórki układu trawiennego lub inne organy, tj. wątrobę lub centralny układ nerwowy. Można wymienić następujące cechy, odróżniające wirusowe choroby pokarmowe od bakteryjnych: obecność kilku cząstek wirusowych w żywności może wywołać chorobę, duża liczba cząstek wirusa jest wydzielana z kałem przez zakażoną osobę (do 1011 cząstek na gram kału), specyficzne żywe komórki człowieka są niezbędne do replikacji wirusa; nie mogą się one namnażać w produktach żywnościowych i wodzie. Wirusy pokarmowe są stosunkowo stabilne i kwasoodporne poza komórkami żywiciela.

W jelitach ludzkich może występować wiele różnych rodzajów wirusów, ale najważniejsze z nich to:

1. Wirusy wywołujące gastroenteritis: Rotawirus, Adenowirus, Norowirus, Astrowirus, Sapowirus, Coronawirus, Aichiwirus
2. Wirusy replikujące się w jelicie i migrujące do innych organów: Poliowirus, ECHO
3. Wirus zapalenia wątroby (hepatitis A) - (choroba brudnych rąk )

1. Mięczaki (które mają kontakt ze skażoną fekaliami wodą)
2.  Wodę pitną i nawadniającą, skażoną ludzkimi ściekami;
3. Żywność „gotową do spożycia” lub niedostatecznie przetworzoną, której zakażenie jest wynikiem niskiej higieny osobistej zainfekowanych pracowników, zajmujących się jej dystrybucją.
4. W przypadku niektórych wirusów poprzez aerozole (rozprysk wymiotów i same wymiociny)

Rekomendowaną techniką analityczną do wykrywania wirusów jest oparta o amplifikację DNA - reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR). Metoda ta polega na amplifikacji fragmentu DNA ograniczonego z obu stron znanymi sekwencjami. Wykorzystuje ona naturalne właściwości polimerazy DNA, które pozwalają jej przedłużać krótkie  fragmenty DNA, które hybrydyzują do dłuższej matrycy. Metodę tą można zastosować również do RNA tak jak w przypadku wirusów norovirus (GI, GII) i hepatitis A, jednak wymagany jest wtedy dodatkowy etap polegający na przepisaniu RNA na DNA przez odwrotną transkryptazę. Przed wykonaniem właściwej reakcji PCR należy przeprowadzić proces ekstrakcji wirusa z badanego materiału poprzez użycie odpowiednich odczynników. Kolejnym etapem jest proces izolacji materiału genetycznego wirusa i następnie reakcja PCR, w której w przypadku obecności RNA wirusa otrzymamy jego milionowe kopie.

(Źródło: Artykuł promocyjny dostarczony przez firmę J.S. Hamilton Poland S.A.).